Ilgą laiką tik gyvatvorė žymėjo vietą, kur kelis šimtmečius į dangų kilo Šv. Jono bažnyčios bokštas. Per savo gyvavimo istoriją pastatas degė, buvo vėl atstatomas, o galiausiai po Antrojo pasaulinio karo buvo nušluotas nuo žemės paviršiaus. Tačiau yra vilčių, kad po aštuoniasdešimties metų pertraukos bažnyčia vėl bus prikelta.

Tyrimais nustatyta, kad statant bažnyčios pamatus buvo naudojami stambūs lauko akmenys, o jų tarpai užpildyti smulkesniais (taip pat ir grindinio) akmenimis, plytgaliais.

„Istorinės Klaipėdos Šv. Jono bažnyčios su bokštu atkūrimo projektas pripažinta svarbiu valstybei. Tad pirmiausia buvo nuspręsta atlikti vietos, kurioje stovėjo bažnyčia, archeologinius tyrimus. Juos atlikus, atidengta apie 30 proc. statinio pamatų. Vokietijoje rasti originalūs bažnyčios brėžiniai, tad atstatomi maldos namai galėtų būti tokie, kokie buvo po 1856–1858 m. rekonstrukcijos“, – pasakojo Zigmas Arcišauskas, KIC techninės priežiūros projekto vadovas.

Archeologiniai tyrimai patvirtino žinomus bažnyčios istorijos faktus

„Per rugpjūčio–spalio mėnesius ištyrėme 606 kv. metrų plotą, atidengėme bažnyčios bokšto, sienų pamatus, juose išmūrytus šešis kontraforsus, dvi vidaus kolonas, dvi puskolones, nežinomo mūrinio priestato pamatus šiaurinėje bokšto dalyje (iki 1854 m. gaisro), šildymo sistemą, grindinio likučius, kapų vietas. Surinkome įvairių XVI–XX a. radinių – ir iš nugriautos bažnyčios,  ir patekusių čia iš kitur“, – komentavo archeologinių tyrimų radinius dr. Raimonda Nabažaitė, KU BRIAI mokslo darbuotoja.

Pasak pašnekovės, bažnyčios apdailos ir funkcinių elementų rasta nedaug, tai: akmens ir marmuro plytelių fragmentai, grindų ir sienos glaisto dalis su išlikusių plytelių spaudu, išorinio sienų tinko elementai, skalūninės stogo dangos, vitražo švininių juostelių bei stiklo fragmentų, keletas dekoratyvinių elementų, metalinių tvirtinimo detalių ir kt.

„Tyrimais nustatyta, kad statant bažnyčios pamatus buvo naudojami stambūs lauko akmenys, o jų tarpai užpildyti smulkesniais (taip pat ir grindinio) akmenimis, plytgaliais. Pamatuose sveikos plytos yra vieno standarto, kuris taikytas bažnyčiai statyti 1706 m. Tuo tarpu bažnyčios griuvenose rasta net kelių skirtingų rūšių ir dydžių plytų. Jos liudija, kad po 1854 m. gaisro ar kitų bažnyčios tvarkybos darbų naudotos įvairesnės plytos“, – dalijosi pastebėjimais dr. R. Nabažaitė.

Archeologinių tyrimų radiniai patvirtina bažnyčios istorijos faktus, o visa ši informacija pasitarnaus prikeliant bažnyčią naujam gyvenimui. Archeologiniams tyrimams atlikti skirta 20 tūkst. eurų, jie finansuoti iš Paveldotvarkos 2020 m. programos, kuri tvirtinama kultūros ministro įsakymu, lėšų.

Bažnyčios statyba domėjosi pats Prūsijos karalius Frydrichas V ilhelmas IV

Šv. Jono bažnyčios istoriją 2017 m. parengtoje studijoje išsamiai aprašo dr. Vasilijus Safronovas, KU BRIAI vyriausiasis mokslo darbuotojas. Toliau pateikiama būtent šioje studijoje užfiksuoti bažnyčios istorijos faktai.

Šv. Jono parapijos Klaipėdoje pradžios tašku laikytini 1258-ieji. Žinomi keli XIII a. dokumentai, kuriuose Klaipėdoje minima Šv. Jono bažnyčia. Pavyzdžiui, viename jų – 1258 m. liepos 27 d. akte, rašoma, jog Šv. Jono bažnyčia paverčiama parapine bažnyčia, skirta Klaipėdos (Mimelemburgo) miestiečiams. Seniausi parapijos maldos namai, kurių vietą šiandien įmanoma tiksliai identifikuoti, tarp 1562 ir 1571 m. iškilo prie Dangės upės, dabartiniame sklype Turgaus g. 37. Tiksliai žinoma, kad iš pastarojo sklypo į minėtoje studijoje nagrinėjamą vietą parapija persikėlė 1706-aisiais. Beje, parapija ir bažnyčia, buvusi Turgaus g. sklype, Šv. Jono vardu imta vadinti tik 1857 m.  Nuo XVI a. vidurio iki XIX a. vidurio ji buvo vadinama Vokiečių, Liuteronų ar Miesto bažnyčia.

Šv. Jono bažnyčios vietoje stovėjusios jos pirmtakės likimas nėra visiškai aiškus. Tačiau tikrai žinoma, kad „1696 m. gegužės 14 d., dieną prieš tai atlaikęs mišias senojoje bažnyčioje, karališkojo dvaro vyresnysis pamokslininkas dr. Bernhardas von Sandenas naujoje bažnyčios statybvietėje padėjo kertinį akmenį.“ Nauji maldos namai pašventinti 1706 m. sausio 18 d.

Sunkus išbandymas klaipėdiečius užklupo 1854 m. – per spalio 4–6 d. siautusį gaisrą sudegė net trys bažnyčios, tarp jų – ir Vokiečių. Jos netektis buvo apmaudi dar ir dėl to, kad miestiečiai, gaisrui prasidėjus, šiuose maldos namuose bandė slėpti savo auksą, sidabrinius daiktus ir netgi grynuosius pinigus, tikėdamiesi, kad gaisras jų nepalies. Deja... Po šio gaisro bažnyčia buvo atstatyta labai sparčiai – 1857 m. rugsėjo 13 d. įvyko jos pašventinimo iškilmės. Kaip ir 1706 m., ši ceremonija surengta dar nebaigus atstatymo darbų. Bokštas, kuriam iškelti iki smailės pritrūko lėšų, buvo užbaigtas tik po šešerių metų, 1863-aisiais. Beje, projektuojant naująją bažnyčią, prie šių darbų netiesiogiai prisidėjo Prūsijos karalius Frydrichas Vilhelmas IV.

Naujai atstatyta evangelikų liuteronų bažnyčia Klaipėdoje veikė iki Antrojo pasaulinio karo. Per jį bažnyčia smarkiai nukentėjo ir 1946–1947 m. buvo visiškai nugriauta.