Įsteigtas 1993 m., Vilniaus miesto savivaldybės Vaiko teisių apsaugos skyrius švenčia veiklos 20-metį. Tai yra pagrindinė institucija, kuri įgyvendina ir gina vaiko teises Vilniaus miesto savivaldybės teritorijoje.

Šiuo metu skyriuje dirba 55 darbuotojai - jie koordinuoja darbą su socialinės rizikos šeimomis, organizuoja vaiko globą,  rūpybą ir priežiūrą 1141 vaiko globojamo šeimose bei socialinės globos įstaigose.

Skyriaus specialistai dalyvauja civilinėse ir baudžiamosiose bylose,  atstovaudami vaiko teises ir teisėtus interesus, teikia išvadas dėl vaiko gyvenamosios vietos nustatymo, bendravimo su vaiku nustatymo, tėvystės ir motinystės nuginčijimo ir kitais atvejais.

Įstatymų  nustatytais atvejais dalyvauja teismų posėdžiuose ir iki teisminio tyrimo metu atliekamuose nepilnamečio liudytojo, nukentėjusio, įtariamojo ar kaltinamojo apklausose, kituose ikiteisminio tyrimo metu atliekamuose procesiniuose veiksmuose, kuriuose dalyvauja nepilnametis.

Skyriaus specialistai glaudžiai bendradarbiauja su Savivaldybės švietimo ir teisės skyriais, policijos įstaigomis, pedagoginėmis psichologinėmis tarnybomis, sveikatos priežiūros ir socialinės globos įstaigomis, nevyriausybinėmis organizacijomis, bendruomenėmis.

1990 m. Lietuva,  paskelbusi Nepriklausomybės atkūrimo aktą,  pradėjo vykdyti teisinę, ekonominę, socialinę reformą ir vaikų teisių apsaugos srityje. 1992 m. sausio 5 d. Lietuva prisijungė prie 1959 m. Jungtinių Tautų Organizacijos Vaiko teisių deklaracijos ir 1989 m. Vaiko teisių konvencijos.

Vilniaus miesto taryba 1993 m.  priėmė sprendimą, kad Nepilnamečių teisių apsaugos ir globos tarnyba yra savarankiškas Valdybos padalinys, turintis juridinio asmens teises, išlaikomas iš miesto biudžeto lėšų.  Tarnyboje buvo patvirtinti 26 etatai. Tuometinėje Nepilnamečių teisių apsaugos ir globos tarnyboje Seniūnijose dirbo dvidešimt specialistų.

1994 m. Vilniaus miesto taryba priėmė sprendimą  dėl  Nepilnamečių teisių apsaugos ir globos tarnybos pertvarkymo į Vaikų teisių apsaugos tarnybą.