Nuo 11 metrų dabar Malkų įlanką rengiamasi išgilinti iki 14,5 metrų akvatorijoje ir iki 14 metrų prie krantinių.

Iš viso planuojama iškasti apie 2,5 mln. kubinių metrų grunto. Iš jų apie 160 tūkst. kubinių metrų grunto yra užteršta. Aplinkosaugininkai yra pateikę išvadą, kad netinkamo jūroje gramzdinti grunto kiekis iš Malkų įlankos sudarytų apie 136 tūkst. kubinių metrų.

Prieš gilinant turi būti baigtas iškasti sunkiaisiais metalais užterštas gruntas iš po „Vakarų laivų gamyklos“ dokų duobių.

2,5 mln. kubinių metrų grunto kiekis iš Malkų įlankos dar negalutinis, nes rengiamas išgilinti 20-25 metrų atstumu nuo krantinių.

Prie krantinių, kurios ateityje turės būti pritaikytos naujiems 14 metrų gyliams, vyks atskiri gilinimai. Turės būti parengti atskiri gilinimo prie krantinių 139, 140, 142, 143, 143a ir 144 gilinimo iki 14 metrų dokumentai.

Aplinkosaugininkai jau pateikė išvadą, kad poveikio aplinkai vertinimas gilinant Malkų įlanką ir akvatorijas prie krantinių nėra privalomas.

Prieš gilinant Malkų įlanką turi būti sutvirtinta ir Smeltės pusiasalio sienutė nuo Jūrų perkėlos pusės. Taip pat numatyta įvertinti dabartinių malkų įlankos krantinių stovumą, kad neatsitiktų taip, jog gilinant krantinės pradėtų griūti.