Baltijos aplinkos forumo teigimu, Punios šilo teritorijoje nustatytoms gamtinėms saugomoms vertybėms privalo būti taikoma didesnė apsauga, nei esanti šiuo metu, aiškiai ribojant žmogaus ūkinę veiklą, įsteigiant atitinkamą saugomą teritoriją – rezervatą. Priešingu atveju kyla pavojus, kad tokios saugomos gamtos vertybės nebus išsaugotos.

VšĮ Baltijos aplinkos forumas kreipėsi į Vilniaus apygardos administracinį teismą prašydamas panaikinti 2019-07-18 VSTT direktoriaus įsakymo dalį dėl sprendimo stabdyti Nemuno kilpų regioninio parko planavimo schemos koregavimo (specialiojo planavimo) procesą, pradėtą VSTT direktoriaus 2017-11-15 įsakymu. Pasak pareiškėjos, Punios šilo gamtinio rezervato ir Punios šilo botaninio-zoologinio draustinio sujungimo į vieną – Punios šilo gamtinio rezervato teritoriją – planavimo procesas privalo būti užbaigtas, užtikrinant viešojo intereso apsaugą ir panaikinant 2019-07-18 įsakymą kaip nepagrįstą ir pažeidžiantį viešąjį interesą, taip sudarant sąlygas, kad Punios šilo teritorijoje nustatytos saugomos rūšys ir buveinės išliktų ir būtų išsaugotos ateities kartoms.