Žemės, miško, vandens telkinio sklypo savininkams, valdytojams ar naudotojams, medžioklės plotų naudotojams leidžiama ištisus metus rankinėmis ir mechaninėmis priemonėmis, išskyrus sprogmenis ir sprogstamąsias medžiagas, ardyti bebrų pastatytas užtvankas tose bebravietėse, kur dėl bebrų veiklos daug žalos gali būti padaryta automobilių keliams, geležinkeliams, vandens saugyklų pylimams, pastatams ar melioracijos statiniams, taip pat jeigu dėl pastatytos užtvankos semiami žemės ūkio pasėliai ar kitos naudmenos ar miškas arba užtvanka yra ekologiniu bei kultūriniu požiūriu vertingoje upėje.

Pakėlę vandens lygį ir užtvindę didesnius plotus, mažieji užtvankų statytojai sukelia dirvos pelkėjimą, daug kur nugraužia ar pažeidžia ežerų, upių pakrančių medžius. Neretai pasitaiko ir atvejų, kai žmonės užtvanką išardo, o bebras jau kitą dieną renčiasi naują tame pačiame upės ruože, todėl norėdami, kad bebras „išsikraustytų“ gyventi kitur, žmonės turi tai daryti itin sumaniai. Vis dėlto aplinkosaugininkai primena, kad ardyti bebrų užtvankas reikia civilizuotai – bebraviečių negalima sprogdinti, o taip pat naudoti priemones, kurios paveiktų ne tik bebravietę, bet ir darytų žalą žuvims, pakrantės augalijai ar kitiems aplinkos elementams.

Nuo 2003 m. šalyje bebrų populiacijos gausa reguliuojama juos medžiojant. Šiuos gyvūnus leidžiama medžioti nuo rugpjūčio 1-osios iki balandžio 15-osios pagal Medžioklės Lietuvos Respublikos teritorijoje taisyklių nustatytą tvarką.

2015 m. pradžioje Lietuvoje gyveno 43 tūkst. 802 bebrai. Per 2015-2016 m. medžioklės sezoną jų sumedžiota 19 tūkst. 293, tačiau kadangi bebrų populiacija yra labai gyvybinga ir greit besiveisianti, jau 2016 m. jų Lietuvoje suskaičiuota 40 tūkst. 618.

Nors šiandien bebrai yra įprasti medžiojamieji gyvūnai, tačiau XX a. pirmoje pusėje jie šalies teritorijoje buvo beveik išnykę. Pokario metais bebrai buvo reaklimatizuoti, juos įvežant iš Rusijos Voronežo srities, dalis jų Nemuno baseino upėmis plito iš aborigeninės populiacijos židinių, išlikusių Baltarusijoje. 1950 m. Lietuvoje gyveno 58 bebrai, 1960 m. – 700. 1970 m. suskaičiuota jau 5 tūkst. 900 bebrų ir 30 jų leista sumedžioti.