Šis ežeras yra vienas vertingiausių mūsų šalies gamtinių kompleksų ir išsiskiria ypač didele paukščių įvairove ir gausa. Čia aptikta 171 sparnuočių rūšis, rasta 40 perinčių rūšių. 2012 m. jame pradėjo perėti gulbė giesmininkė. Dar 28 saugomos rūšys nuolat aptinkamos migracijų metu arba atsitiktinai užklysta. Tačiau per pastaruosius 50 metų Žuvinte perinčių vandens paukščių mažėja. Sumažėjo foninių perinčių rūšių: kuoduotųjų, rudagalvių ir kitų ančių, laukių, ausuotųjų kragų.

Gamtotvarkos planas, pasak Žuvinto biosferos rezervato direktoriaus Arūno Pranaičio, apima dalį Žuvinto ežero ir pakrančių, kur nustatyti europinės svarbos natūralių buveinių tipai: ežerai su menturdumblių bendrijomis, aliuvinės, šienaujamos pievos, tarpinės pelkės ir liūnai, šarmingos žemapelkės. Nors ežero būklė prasta, jame išliko daug unikalių rūšių. Pavyzdžiui, dugne aptinkamas kurklinis menturdumblis niekur kitur Lietuvoje nerastas. Pakrantėse išliko siauralapių gencijonų, dvilapių purvuolių, raudonųjų gegūnių.

Plane išskirtos pagrindinės priežastys, kodėl Žuvinto ežere nyksta gamtos vertybės. Kadangi pakrantėse nebeganoma, nebešienaujama, labai sparčiai pelkėja seklaus ežero buveinės. Kita priežastis – plėšrūnų (ypač kanadinių audinių ir nendrinių lingių) gausa. Dėl didelio biogeninių medžiagų, ypač fosforo, kiekio, kuris patenka į ežerą, ir vietinės kilmės organinių medžiagų kaupimosi vyksta ežero eutrofikacija.

Padėčiai gerinti čia buvo griežtai apribota ūkinė veikla, bet tai neišgelbėjo Žuvinto. Jau keli dešimtmečiai praėjo, kai uždrausta šienauti ežero salą, kirsti nendrių ir švendrų sąžalynus ežere žiemos metu nuo ledo. Dėl to jis ėmė sparčiai dumblėti, sutankėjo švendrynai, o ištisiniai jų ir nendrynų plotai virsta į liūnų ir nendrynų bendrijas. Labai sumažėjo atviro vandens plotas. Nustojus šienauti ir ganyti ežero pakrantes, nyksta ne tik pačios buveinės, bet ir jose gyvenantys paukščiai – švygždos, tilvikiniai, ežero ekosistemai svarbių plėšriųjų žuvų – lydekų – nerštavietės. Dar viena bėda foninių ir saugomų perinčių paukščių rūšims – tai, kad čia gausu plėšrūnų (invazinių kanadinių audinių, nendrinių lingių).

Naujasis gamtotvarkos planas – didelis iššūkis Žuvinto biosferos rezervato direkcijai. Jis numato daug sudėtingų techninių ir gamtosauginių priemonių seklaus ežero ir jame gyvenančių rūšių būklei pagerinti.