Per keletą aktyvių veiklos dešimtmečių mokslininkė su bendraautoriais parašė, sudarė, išleido ne vieną mokslinį darbą.

Už knygą „Lietuvių kalba reformaciniame judėjime XVII a.“ I. Lukšaitė gavo daktaro laipsnį. 1999 metais išleista monografija „Reformacija Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje ir Mažojoje Lietuvoje XVI dešimtmetis – XVII a. pirmasis dešimtmetis“, už ją I. Lukšaitei suteiktas habilituoto daktaro laipsnis.

Mokslininkės bibliografijoje taip pat – „Radikalioji reformacijos kryptis Lietuvoje“, „Lietuvos kultūros istorijos bruožai“, „Lietuvos istorijos: V tomas“, „Klaipėdos miesto ir valsčiaus evangelikų liuteronų bažnyčios vizitacijų 1676-1685 m. dokumentai“. Pastarasis unikalus leidinys parengtas remiantis slaptajame valstybiniame Prūsijos kultūros paveldo archyve Berlyne saugomais XVII amžiaus istoriniais šaltiniais.

Nuo 1999-ųjų I. Lukšaitė su bendradarbiais paskelbė keturis (iš septynių) klaipėdiečio istoriko Mato Pretorijaus rankraščio „Prūsijos įdomybės arba Prūsijos regykla“ tomus, kur sukauptas Mažosios Lietuvos ir senovės Prūsijos istorijos, papročių, tikėjimo, kasdienio gyvenimo aprašų lobynas.

I. Lukšaitė taip pat skaitė paskaitas Vilniaus dailės akademijos, Vytauto Didžiojo universiteto, Klaipėdos universiteto studentams, buvo Adomo Mickevičiaus vardo Poznanės universiteto vizituojanti docentė.

Ne vienus metus ji buvo Nacionalinių kultūros ir meno premijų komiteto narė.

Mokslininkė 46 metus dirbo Lietuvos istorijos instituto Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės istorijos skyriuje.

Kasmetinė M. L. Rėzos premija skiriama už Kuršių nerijos ir Mažosios Lietuvos (Prūsų Lietuvos) kultūros tradicijos populiarinimą, M. L. Rėzos vardo garsinimą. Jos dydis – 2000 eurų.

Kuršių nerijoje, Karvaičių kaime, 1776 metų sausio 9 dieną gimęs Martynas Liudvikas Rėza laikomas vienu iškiliausių pasaulietinės lietuvių kultūros puoselėtojų bei lietuvių tautosakos mokslo pradininku, jo vardo premija už Kuršių nerijai reikšmingą veiklą kasmet skiriama vienam asmeniui.