Skundai gali būti teikiami dėl galimai pažeistų jūrininkų teisių ir teisėtų interesų, susijusių su laivo ir jame esančių jūrininkų sauga, sveikatos apsauga, tinkamomis darbo ir gyvenimo laive sąlygomis, repatriacija, pateikimo, priėmimo ir nagrinėjimo procedūras laivuose. Nagrinėjami tik tie skundai, kurie susiję su Lietuvos valstybės vėliavos laivais, o taip pat jūrininkų darbu  krante Lietuvos teritorijoje.

Nustatyta, kad jūrininkas gali pateikti skundą per 3 mėnesius nuo tos dienos, kai sužinojo ar turėjo sužinoti, kad buvo pažeistos jo teisės.

Jūrininkų skundus pagal jų specifiką nagrinėja Susisiekimo, Socialinės apsaugos ir darbo bei Sveikatos apsaugos ministerijoms pavaldžios institucijos.