Valstybės kontrolei įvertinus Krašto apsaugos ministerijos finansinę atskaitomybę nustatyti teisės aktų pažeidimai naudojant biudžeto lėšas reprezentacijai ir sutaupytas darbo užmokesčio fondo lėšas. Be to, rasti viešųjų pirkimų organizavimo trūkumai ministerijai perkant pastatų rekonstrukcijos darbus, dėl kurių darbų kaina galėjo būti 3,6 mln. litų mažesnė.

Audito metu nustatyta, kad ministerija reprezentacinėms reikmėms panaudojo daugiau lėšų, nei tai leido Vyriausybės nutarimas: vietoj numatytų 4 proc. ministerija reprezentacijai panaudojo 6,4 proc. visų jos išlaidoms skirtų lėšų, iš viso - 6,4 mln. litų.

Didžioji jų dalis panaudota NATO gynybos ministrų susitikimui surengti. Vyriausybės nutarimo reikalavimų neatitiko ir krašto apsaugos ministro nustatytas 4 proc. išlaidų dydžio reprezentacinis fondas Lietuvos kariuomenės vado sekretoriatui - jis privalėjo būti dvigubai mažesnis.

Ministerija 2008 m. pabaigoje iš sutaupytų darbo užmokesčio fondo lėšų krašto apsaugos sistemos valstybės tarnautojams ir darbuotojams išmokėjo vienkartines pinigines išmokas, nors teisės aktai reikalavo šias lėšas visų pirma naudoti įsiskolinimams padengti. Auditoriai taip pat nustatė, kad dalis krašto apsaugos sistemos įstaigų, nors ir turėdamos įsiskolinimų, dalį sutaupytų lėšų skyrė ilgalaikiam turtui įsigyti.

Trūkumų valstybiniai auditoriai nustatė ir ministerijos viešųjų pirkimų komisijos veikloje: pirkdama Vytauto Didžiojo jėgerių bataliono katilinės ir šilumos tinklų rekonstravimo darbus, komisija laimėtoju pripažino įmonę, kurios pasiūlymas neatitiko pirkimo reikalavimų ir privalėjo būti atmestas. Perkant Kauno Karo muziejaus rekonstrukcijos darbus už beveik 21 mln. litų, trūkumų turintis pasiūlymas buvo pripažintas tinkamu, o vėliau - atmestas. Auditoriai nustatė, kad jei komisija būtų laiku nustačiusi trūkumus, įmonė būtų turėjusi galimybę juos pašalinti. Atmestą siūlymą pateikusi įmonė rekonstrukcijos darbus būtų atlikusi 3,6 mln. litų pigiau, nei konkursą laimėjusioji.

Valstybės kontrolės vertinimu, du rekonstruoti ir modernizuoti minų paieškos laivai, dėl kurių reikalingumo buvo kilusios diskusijos, iš Jungtinės Karalystės buvo įsigyti teisėtai. Laivai įsigyti vykdant Seimo ir Vyriausybės patvirtintas programas, siekiant užtikrinti Lietuvos tarptautinius įsipareigojimus NATO ir laikantis visų teisės aktų reikalavimų. Šie laivai atitinka nuo 2011 ir 2014 metų įsigaliosiančius NATO reikalavimus minų paieškos laivų įrangai ir valdymo sistemoms.

Audito metu taip pat nustatyta, kad ministerijoje dalis darbo užmokesčio mokėta iš kitoms reikmėms skirtų lėšų, ne pagal teisės aktų reikalavimus buvo pervedamos socialinio draudimo įmokos. Tuo tarpu Lietuvos kariuomenėje nustatyti netinkamo gyventojų pajamų mokesčio ir socialinio draudimo įmokų pervedimo atvejai, į apskaitą neįtraukta dalis avansinių mokėjimų už paslaugas. Be to, kariuomenė įsigijo medalių už daugiau nei 72 tūkst. litų, nors šios lėšos buvo skirtos aprangai ir patalynei pirkti.

Dėl audito metu nustatytų reikšmingų teisės aktų pažeidimų valstybės kontrolieriaus pavaduotojas Viktoras Švedas priėmė sprendimą, įpareigodamas krašto apsaugos ministrę Rasą Juknevičienę per 60 dienų teisės aktus pažeidusius asmenis patraukti tarnybos ar drausminėn atsakomybėn.