Lietuvos ekonominėje zonoje Baltijos jūroje planuojama įsteigti dvi naujas saugomas teritorijas. Anot Valstybinės saugomų teritorijų tarnybos , siūlymas steigti saugomas teritorijas pateiktas ištyrus šias teritorijas ir radus jose vertingų išteklių.

Lietuvos ekonominėje zonoje aptiktos giliavandenių rifų buveinės, kurios, pasak tarnybos, yra svarbios Europos mastu. Taip pat užfiksuotos gausios Baltijos jūroje žiemojančių vandens paukščių – alkų, ledinių ančių, nuodėgulių sankaupos.

Pirmąsias jūrines saugomas teritorijas planuojama įsteigti Sambijos ir Klaipėdos–Ventspilio plynaukštėse. Šiose teritorijose gamtos turtų rasta daugiausiai. Įsteigus saugomas teritorijas, šiose vietose toliau bus vykdomi jūrinių ekosistemų tyrimai, vykdoma visuomenės informavimo veikla, prižiūrimi ir koreaguojami laivybos keliai bei kontroliuojama ūkinė veikla, galinti pakenkti ekosistemai.

Nors aplankyti jūrines saugomas teritorijas sudėtingiau nei esančias sausumoje, Pajūrio regioninis parkas siūlo išbandyti nardymą ir ties Nemirseta ieškoti nuskendusių laivų, o priekrantės riedulynuose stebėti spalvotus builius, lietuviškas krevetes bei smėlyje besislepiančias plekšnes.

Jūros dugno buveines pažeisti gali tralai, o dažnai kursuojantys laivai gali pražudyti perinčius paukščius: pabaidyti jie daug energijos išnaudoja skraidydami ir nesugeba sugauti pakankamai maisto. Ekosistemai gali pakenkti ir išgaudomos žuvys, laidojamos šiukšlės bei kiti veiksniai.

Lietuvos išskirtinė ekonominė zona - tai už teritorinės jūros ribų, apie 22 kilometrų nuo kranto, esanti Baltijos jūros dalis, kurioje Lietuva turi tam tikras teises, jurisdikciją ir pareigas.