A. J. Stanaitis gimė 1934-aisiais Marijampolės apskrityje, Ąžuolų Būdos kaime, studijavo Vilniaus universitete.

Profesorius dirbo Lietuvos Mokslų Akademijos Geologijos ir geografijos institute bei Lietuvos edukologijos universitete. A. J. Stanaitis paskelbė apie 500 mokslo ir mokslo populiarinimo straipsnių.

Profesorius apdovanotas Aplinkos ministerijos Česlovo Kudabos premija už nuopelnus šalies gamtosaugai, Lietuvos geografų draugijos Kazio Pakšto medaliu už geografijos žinių sklaidą, pedagoginę ir organizacinę veiklą, Kūno kultūros ir sporto departamento sporto garbės Komandoro ženklu už nuopelnus Lietuvos sportui, Lietuvos edukologijos universiteto medaliu už nuopelnus universitetui.