Siekdama palengvinti geležinkelių transporto sektoriuje dirbančių įmonių veiklos sąlygas ir užtikrinti ES teisės aktų perkėlimą bei tiesioginį taikymą, Susisiekimo ministerijos siūlymu Vyriausybė svarsto atitinkamų teisės aktų pakeitimus. 

Numatoma keisti ir papildyti Geležinkelių transporto kodekso nuostatas, susijusias su teise įmonėms naudotis viešąja geležinkelių infrastruktūra, geležinkelių transporto rinkos liberalizavimu ir reguliavimu, keleivių vežimo vietinio susisiekimo maršrutais tarifų nustatymu ir kitais klausimais. Šiais pakeitimais bus užtikrintas 2007 m. Europos Parlamento priimto 3-ojo ES geležinkelių teisės aktų paketo nuostatų įgyvendinimas. 

Vienas iš įmonėms svarbiausių pakeitimų - tai siūlymas įtvirtinti teisę įmonėms, nevykdančioms geležinkelių transporto ūkinės komercinės veiklos, bet vežančioms krovinius ir keleivius iš vienos paskirties vietos į kitą savo geležinkelių riedmenimis ir sąskaita, naudotis viešąja geležinkelių infrastruktūra. 

Šiuo metu yra nemažai įmonių, kurios neteikia keleivių, bagažo ar krovinių vežimo už užmokestį paslaugų, tačiau išvažiuoja į viešąją geležinkelių infrastruktūrą (dažniausiai - geležinkelio stotis, kelynus, stoties privažiuojamuosius kelius ir pan.) nekomerciniais tikslais. Pagal dabartinį reglamentavimą tokios įmonės yra priverstos teikti prašymus licencijai gauti, nors tai prieštarauja nusistovėjusiai licencijavimo sampratai. Keičiant Geležinkelių transporto kodeksą siūloma suteikti teisę tokioms įmonėms naudotis viešąja geležinkelių infrastruktūra be licencijos, tačiau eismo saugos tikslais jos privalėtų atitikti reikalavimus, susijusius su saugos sertifikavimu. 

Taip pat siūloma pakeisti keleivių vežimo vietinio susisiekimo maršrutais tarifų nustatymo reglamentavimą ir panaikinti nuostatą, kad didžiausi tarifai turi būti suderinti su Valstybine kainų ir energetikos kontrolės komisija. Tokiu atveju vežimo tarifus galėtų nustatyti pati geležinkelio įmonė, ir tarifų dydžius lemtų ne valstybinis reguliavimas, o keleivių vežimo rinka, tarpusavyje konkuruojant kelių ir geležinkelių transporto vežėjams. 

Įgyvendinant ES teisės aktų nuostatą dėl geležinkelių transporto rinkos liberalizavimo, Geležinkelių transporto kodeksą numatoma papildyti nuostata dėl teisės vykdyti kabotažą. Tai reiškia, kad ES valstybėje narėje įregistruota geležinkelio įmonė, teikdama keleivių vežimo geležinkelių transportu tarptautiniais maršrutais paslaugas, turės teisę įlaipinti keleivius bet kurioje Lietuvos geležinkelio stotyje bei išlaipinti kitoje. 

Siekiant užtikrinti tinkamą ES geležinkelių transporto rinkos reguliavimą, keičiamas Geležinkelių transporto sektoriaus reformos įstatymas. Numatoma, kad pirmajame reformos etape geležinkelių transporto sektoriaus rinkos reguliuotojo funkcijas atliks ne Susisiekimo ministerija, o Konkurencijos taryba.