Per visą ralio istoriją nuo 1979 metų iš viso žuvo 70 žmonių: 28 dalyviai, iš kurių 19 važiavo motociklais, šeši - automobiliais, vienas - sunkvežimiu, o du žuvo dėl vietinių neramumų. Likusios 42 aukos, kurių tarpe yra pats varžybų pradininkas Thierry Sabine, žuvo renginio aplinkoje: 14 žurnalistų ir organizatorių komandos narių, 23 žiūrovai ir keturi vaikai. Ralis buvo pasmerktas Vatikano už savo atšiaurų požiūrį į vietinių aukas, o galutinis žūčių skaičius iš tiesų nėra žinomas, dėka praeitame amžiuje vyravusio organizatorių problemos ignoravimo.

Paskutinis žmogus, žuvęs su raliu susijusiomis aplinkybėmis, nėra tiksliai žinomas - tai argentinietis, pakliuvęs į avariją su Prancūzijos sportininko Lionelio Baudo techninio aptarnavimo sunkvežimiu. Paradoksalu, bet L. Baudo automobilis buvo grąžinamas į Buenos Aires uostą nepasiekęs finišo, nes sportininkas apsisprendė palikti varžybas po to, kai mirtinai kliudė 65 metų Bolivijos gyventoją Maximo Riso. Abu šie įvykiai nutiko 2016 metais, tad paskutinius dvejus metus maratonas aukų išvengė.

Galimai kraupiausi incidentai įvyko 1991 ir 1996 metais: Charlesas Cabannesas tapo dešimtąja maratono auka, kai kartu su šturmanu pakliuvo į susišaudymą tarp Malio kariuomenės ir Tuarego sukilėlių. C. Cabannesas žuvo vietoje, o jo šturmanas Joelis Guyomarc'h buvo sunkiai sužeistas. Po penkerių metų kitas prancūzas Laurent'as Gueguenas žuvo nukrypęs 400 metrų į šoną nuo pažymėto kelio ir pakliuvęs į seną Maroko armijos paliktą minų lauką. Du su juo keliavę šturmanai buvo sužeisti, tačiau išgyveno. Šie incidentai tikrai patvirtina maratono organizatorių priimtus sprendimus trauktis iš Afrikos žemyno. Įvykiai gana seni, tačiau pagrobimų ir kitokių problemų su nusikalstamomis regiono grupuotėmis būta daug.

Nors nemaža dalis žūčių susijusios su sportinėmis nesėkmėmis, ypač motociklininkų tarpe, istorijoje buvo ir skaudžių nesusikalbėjimo atvejų. 2009 metais jau į Pietų Ameriką persikėlusiame maratone debiutavo Pascalis Terry. Antrajame greičio ruože jam baigėsi kuras, tad jis pasinaudojo organizatorių suteiktu pagalbos švyturiu. Pradėta organizuoti paieškos grupė buvo atšaukta gavus informaciją, kad P. Terry vis tik sėkmingai pasiekė bivaką. Ši informacija buvo teisinga, tik netiksli - bivaką sėkmingai pasiekė jo brolis. Po trijų dienų P. Terry buvo rastas netoli savo motociklo, miręs nuo plaučių edemos. Vėliau įvykęs tyrimas parodė, kad jo gyvybę buvo galima išgelbėti, jeigu gelbėjimo operacija nebūtų atšaukta.

Kita skaudi nelaimė, susijusi su organizatoriais įvyko 1994 metais. 1989 metų motociklų įskaitos nugalėtojas Gilles'is Lalay keletas valandų po dienos finišo buvo partrenktas organizatorių greitosios pagalbos automobilio. G. Lalay buvo nugabentas į ligoninę, tačiau dėl daugybinių sužalojimų nuo priešpriešinio smūgio su visureigiu, jis neišgyveno.

Per maratono istoriją fiksuojamos dvi aviakatastrofos. Pirmojoje žuvo ralio sumanytojas Thierry Sabine su gerai žinoma Prancūzijos pop žvaigžde Daniel Balavoine bei žurnaliste, pilotu ir radio inžinieriumi. Antroji nelaimė įvyko 2012 metais, kai argentiniečių šeima Luis ir Tomas Soldavini žuvo po to, kai netoli Orense miesto Argentinoje nukrito jų lėktuvas, iš kurio jie stebėjo ralį.

Apie tamsiąją Dakaro pusę paklaustas „General Financing team Pitlane“ komandos pilotas Benediktas Vanagas pats nesunkiai prisiminė incidentą, galėjusį baigtis tragiškai: „Mes važiavome antroje greičio ruožo pusėje ir jau buvome pradėję lenkti lėtesnius motociklininkus. Judėjome per itin gilias smėlio provėžas, tad turėjome palaikyti tempą, norėdami išvengti užklimpimo. Šoktelėjome per tramplyną ir pamatėme, kad šalikelėje stovi motociklininkas, žiūrovai jam padeda jį stumti tolyn nuo provėžų. Toje vietoje stovėję mūsų komandos nariai buvo prieš keletą akimirkų užfiksavę, kaip itin pavargęs motociklininkas faktiškai pasiduoda ir sustoja vienoje iš vėžių. Tik dėl žiūrovų pagalbos jis buvo patrauktas į šoną. Aš, atvažiuodamas į tramplyną, nemačiau, kas yra už jo, tad tik laimingo atsitiktinumo dėka nenusileidome ant kolegos piloto. Tuo metu mes net nežinojome, kaip arti nelaimės buvome, tą supratome tik vakare, bet aš esu tikras, kad faktiškai neturėjome šansų kažką šioje situacijoje padaryti - provėžos buvo per gilios, kad galėtume aplenkti stovinčią kliūtį“, - prisiminimais dalijosi B. Vanagas.

Nors per visą savo istoriją ralis tikrai matė daug negandų, dabartinė situacija yra daug geresnė nei buvusi. Trasos iškėlimas į paprastam žiūrovui sunkiai pasiekiamas kopas gerokai sumažina galimybes sužeisti aplinkinius, o krentantis vidutinis greitis - fatališkų pasekmių šansus ekipažams. Nuo devyniasdešimtųjų technikos saugumas ir dalyvių priežiūra yra stipriai pagerėjusi, tačiau motociklininkai ir toliau neapleidžia lyderių pozicijų tarp sužeistųjų.