Kaip rašoma vyriausybės pranešime, programos „Horizontas 2020“ politikos paramos priemonę įgyvendinę ekspertai siūlo iš esmės peržiūrėti inovacijų skatinimo  ir paramos politiką ir taip didinti mokslinių tyrimų bei inovacijų sukuriamą pridėtinę vertę Lietuvos ekonomikoje.

Ekspertų vertinimu, per paskutinį dešimtmetį Lietuvos inovacijų sistema buvo pastebimai pertvarkyta ir gerai finansuojama. Tai leido pagerinti aukštojo mokslo ir mokslinių tyrimų rezultatyvumą. Tačiau, žvelgiant iš tarptautinės perspektyvos, šis sektorius išlieka mažai konkurencingas. Pastebimas nedidelis Lietuvos ekonomikos poslinkis link aukštųjų technologijų gamybos ir žinioms imlių paslaugų, vis dėlto Lietuvos ekonomikos pagrindą sudaro žemos pridėtinės vertės produkcija, o šalies ekonomika mažai integrali tarptautiniu mastu.

Pasak EK atstovų, siekiant spęsti šiuos iššūkius Lietuva turėtų įgyvendinti tris politinio lygmens pokyčius: konsoliduoti verslo sektoriaus inovacijų paramos struktūrą ir didinti jos profesionalumą, teikti prioritetą didelį potencialą kurti pridėtinę vertę turinčiam verslą bei skatinti naujų formų partnerystes moksliniuose tyrimuose ir inovacijų kūrime.

Lietuvos inovacijų politikos paramos sistemą vertinę ekspertai pastebi, kad ji pernelyg išskaidyta: inovacijas vystančiam verslui paramą teikia didelis skaičius agentūrų. Tai apsunkina galimybes teikti kokybiškas paslaugas, o veikiančios klasterinės organizacijos yra per mažos. Todėl jų kuriama pridėtinė vertė yra ribota, joms sudėtinga išlaikyti ir stiprinti turimas kompetencijas ir pajėgumus. Ekspertų teigimu, toks išteklių paskirstymas nėra efektyvus, todėl iki naujo ES paramos laikotarpio (2020 m.) inovacijų paramos sistema turėtų būti pertvarkyta ir pritaikyta taip, kad skatintų didesnes verslo investicijas į inovacijas, žinių mainus, mobilumą ir partnerysčių kūrimą.   

Pagrindiniu barjeru didesniam inovacijų rezultatyvumui įvardijamas mažas verslo sektoriaus imlumas naujovėms. Pateiktose rekomendacijose EK siūlo paramą verslui skirti ne  pagal veiklos rūšį, o pagal potencialą kurti inovacijas ir augti. Ekspertai ragina skatinti į verslą orientuotą požiūrį ir skirti dėmesį ne tik investicijų pritraukimui, bet ir tolimesnei esančiųjų plėtrai.

Kaip vieną iš svarbiausių temų, EK išskiria bendradarbiavimą. Pasak ekspertų, inovacijų politika šiuo metu orientuota į specifinių iniciatyvų finansavimą. Todėl atrandančios partnerystės nėra tvarios. Siūloma plėtoti inovacijų politiką, kurioje būtų aiškiai apčiuopiama bendradarbiavimo nauda. Pavyzdžiui, taikomųjų tyrimų finansavimo modelis būtų paremtas bendradarbiavimu su verslu, sukurta platforma novatoriškų paslaugų ir produktų išbandymui, sustiprintas klasterių vaidmuo inovacijų ekosistemoje.

Rengdami rekomendacijas EK ekspertai du kartus viešėjo Lietuvoje, kurioje susitiko plataus rato politiką formuojančių ir įgyvendinančių institucijų, aukštųjų mokyklų, verslo, nevyriausybinio sektoriaus atstovais. Rekomendacijos yra parengtos išsamios inovacijų ekosistemos analizės pagrindu.