Vilkų padarytą žalą atlygina savivaldybė pagal Savivaldybių aplinkos apsaugos rėmimo specialiosios programos įstatymo nustatytą tvarką. Ūkininkai ne vėliau kaip per 3 darbo dienas turi pranešti savo seniūnijai apie patirtą žalą ir paprašyti ją įvertinti ir atlyginti. Gavęs tokį pranešimą, seniūnas privalo tą pačią dieną informuoti medžioklės plotų naudotoją ir per 7 dienas organizuoti žalos įvertinimą, išskyrus atvejus, kai reikia daugiau laiko jos dydžiui nustatyti. Žalą apskaičiuoja savivaldybės administracijos direktoriaus sudaryta nuostolių skaičiavimo komisija pagal Medžiojamųjų gyvūnų padarytos žalos žemės ūkio pasėliams, ūkiniams gyvūnams ir miškui apskaičiavimo metodiką.

Aplinkos ministerija primena savivaldybėms, kad išimtiniais atvejais, kai vilkų daroma žala yra labai didelė, jos gali prašyti Aplinkos apsaugos agentūros išduoti specialų leidimą paimti iš gamtos (sumedžioti) šiuos žvėris dar neprasidėjus nustatytam jų medžioklės laikui ten, kur tai būtina. Pagal Medžioklės Lietuvos Respublikos teritorijoje taisykles vilkų medžioklės sezonas prasideda spalio 15-ąją ir tęsiasi iki balandžio 1 dienos.

Vilkų daroma žala būtų gerokai mažesnė, jeigu visi ūkininkai reikiamai pasirūpintų savo gyvulių apsauga. Pasak aplinkosaugininkų, nesaugoma avis – lengvas grobis vilkui. Naktį avys ir veršeliai turėtų būti laikomi tvartuose, o galvijai suginti į saugius aptvarus. Šiuose įrengus specialias tvoras, elektrinius piemenis ir signalizacijos sistemas, pavojus gerokai sumažėtų. Tokias priemones plačiai taiko Prancūzija, Slovakija, Lenkija ir kitos Europos valstybės.