Jos reguliavimo sričiai priskirta ir Lietuvos saugios laivybos administracija. Dėl šios administracijos prijungimo Klaipėdoje vyko dideli ginčai. Tam ypač smarkiai priešinosi jūrininkai. Manyta, kad Lietuvos saugios laivybos administracijos pavadinimo naikinimas yra tarsi pasikėsinimas į laivybos ir Lietuvos kaip jūrinės valstybės savarankiškumą. Mat daugumoje jūrinių valstybių laivybos administracijos yra savarankiškos. To neva reikalaujanti tarptautinė jūrų teisė.

Nepasitenkinimo kilo ir todėl, kad Lietuvos saugios laivybos administracijos pertvarkymas vyko po Lietuvos jūrų laivininkystės bankroto. Klaipėdiečiams jūrininkams tai siejosi su nuosekliu valdžios noru naikinti jūrinę sistemą.

Reorganizacija įvykdyta greičiau nei per pusmetį nuo šių metų gegužės. Jos metu į Lietuvos transporto saugos administraciją įjungta ne tik saugios laivybos administracija, bet ir Valstybinė kelių transporto inspekcija, Valstybinė geležinkelių inspekcija. Tuo pat metu pertvarkytas ir Vidaus vandens laivų bei Jūrų laivų registrų administravimas.   

Susisiekimo ministro Roko Masiulio nuomone, reorganizacija sudarys prielaidas geriau dalintis skirtingų sektorių moderniais darbo metodais ir inovacijomis, mažinti administracinius kaštus ir investuoti į darbuotojų įgūdžių didinimą.