Sutarta, kad pagrindiniai darbai prasidės po Aušros Vartų Gailestingumo Motinos atlaidų, kurie šiemet vyks lapkričio 10–17 dienomis. Šio etapo darbus numatoma atlikti iki 2020 metų pabaigos.

ES Struktūrinių fondų paramą šiam projektui Kultūros ministerija patvirtino 2017 metais, įvertindama būtinybę išsaugoti šį unikalų paveldo objektą ir geriau pritaikyti jį lankančių piligrimų ir miesto svečių reikmėms.

Projekto metu atnaujinami prastos būklės fasado fragmentai, koplyčios langai ir langinės, pagerinta vėdinimo sistema. Stebuklingąjį Gailestingumo Motinos paveikslą apsaugos specialus stiklas. Bus įrengta Aušros Vartų lobyno ekspozicija, sudaryta galimybė judėjimo negalią turintiems žmonėms apsilankyti koplyčioje.

Dalis po Šv. Teresės bažnyčia esančio rūsio bus pritaikyta piligrimų reikmėms, bažnyčioje atnaujinti vitražai, langai ir centrinės durys, atliekami kiti remonto darbai. Galerijoje, jungiančioje Šv. Teresės bažnyčią su Aušros Vartų koplyčia, bus atnaujinami vargonai ir jiems skirta patalpa. Bažnyčioje, galerijoje ir koplyčioje planuojama įrengti bendrą vaizdo ir garso sistemą.