"Žalgirio" istorija prasidėjo 1944 m., kai stipriausi Kauno krepšininkai susibūrė į komandą, vėliau tapusią "Žalgiriu". Ši ekipa iškart pradėjo brautis į tuometinės SSRS krepšinio elitą ir jau 1947 m. pirmą kartą tapo SSRS čempione. Iš viso "Žalgiris" penkis kartus (1947, 1951, 1985–1987 m.) laimėjo SSRS aukso medalius, septynis kartus (1949, 1952, 1980, 1983, 1984, 1988 ir 1989 m.) iškovojo sidabrą ir šešis kartus (1953–1956, 1973 ir 1978 m.) užėmė trečiąją vietą.

1986 m. sezonas buvo turbūt pats sėkmingiausias per visą "Žalgirio" klubo gyvavimo istoriją. Europos čempionų taurės turnyre debiutavusi komanda pasiekė taurės finalą ir lemiamose rungtynėse tik po atkaklios kovos nusileido Zagrebo "Cibona" krepšininkams.
1986 m. "Žalgiris" iškovojo svarbiausią sovietinių laikų trofėjų – tarpžemyninę W.Joneso taurę. Šis turnyras buvo vadinamas pasaulio klubų čempionatu. "Žalgiris" yra vienintelis iš visų sovietų komandų, laimėjęs W.Joneso taurę. Pergalė šios taurės turnyre pelnė "Žalgiriui" pripažinimą visame pasaulyje. Šis turnyras (W.Joneso vardu pavadintas 1973 m.) buvo rengiamas 1966–1987 m.

1998 m., treniruojamas Jono Kazlausko, stipriausias Lietuvos klubas "Žalgiris" laimėjo Europos klubų taurės turnyrą ir pelnė taip ilgai trokštą kelialapį į elito – Eurolygos – varžybas.

1999 m. "Žalgiris" pratęsė triumfo žygį Europoje. Debiutavęs stipriausiame Europos klubinio krepšinio turnyre Eurolygoje, "Žalgiris" pergalingai nužygiavo iki pat finalo, kur 82:74 nugalėjo Bolonijos "Kinder" ir iškovojo Eurolygos taurę. Tai – didžiausia šalies klubinės komandos pergalė nepriklausomoje Lietuvoje.

Per 15 Lietuvos krepšinio lygos (LKL) sezonų "Žalgiris" 12 kartų tapo  čempionais (1994–1999, 2001, 2003, 2004, 2005, 2007, 2008 m.). 2005 ir 2008 m. triumfavo Baltijos krepšinio lygos (BBL) turnyre. Du sezonus iš eilės (2007–2008 m.) laimėjo po pertraukos surengtą Lietuvos krepšinio federacijos taurės turnyrą.