Švč. Trejybės bažnyčioje (Aušros Vartų g. 7B) greta pagrindinio altoriaus rasta kripta su palaikais. Manoma, kad tai gali būti XVII–XVIII a. vienuolių, žymių parapijiečių ir bažnyčios geradarių palaikai. Š. m. rugsėjo mėnesį Vilniaus universiteto Medicinos ir Istorijos fakultetų specialistai pradėjo Vilniaus bazilijonų vienuolyno Švč. Trejybės kriptos tyrimus. Palaikai suguldyti nesilaikant pagarbos mirusiems. Atlikus tyrimus ir sutvarkius kriptą, palaikus ketinama perlaidoti pagal krikščioniškas tradicijas.

Kriptos tyrimus atlieka VU mokslininkai prof. Albinas Kuncevičius, dokt. Justina Kozakaitė, dokt. Martynas Jakulis. 

Švč. Trejybės bažnyčia – unikalus sakralinis, istorinis ir architektūros paminklas. Šios vietos istorija susipynusi su Trijų Vilniaus kankinių (šv. Antano, Jono ir Eustachijaus), šventojo kankinio Makarijaus, šv. Juozapato gyvenimais ir atminimu. Tai, ko gero, daugiausia šventųjų menanti vieta Lietuvoje. Dabartinė mūrinė bažnyčia funduota 1514 m. kaip padėka už pergalę prieš Maskvą Oršos mūšyje (2014 m. minėtas bažnyčios 500 metų jubiliejus). XVII a. greta bažnyčios besikūręs bazilijonų vienuolynas tapo įtakingu katalikų ir stačiatikių unijos idėjos sklaidos centu.