Tačiau lašišos kasmet, nors ir negausiai, vis dar atplaukdavo į Žeimeną, kurioje  rasdavo tinkamų nerštaviečių. Lašišų populiacija buvo laikoma arti išnykimo ribos, o jos natūrali reprodukcija buvo itin maža. Nors lašišos buvo saugomos nuo brakonierių, Žeimenos upė paskelbta ichtiologiniu draustiniu, o pati lašiša, kaip rūšis įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą, tačiau jų būklė mažai tesikeitė. Lašišos pradėjo gausėti tik pradėjus įgyvendinti lašišų atkūrimo ir apsaugos programos 1997-2010 metams numatytas specialias priemones. Kaip teigia V. Kesminas, išteklių apsauga ir žvejybos reguliavimas, dirbtinis veisimas ir lašišų atkūrimas potencialiose upėse, žuvitakių ant užtvankų įrengimas, bei upių ekologinės būklės gerinimas buvo pagrindiniai uždaviniai, kuriuos vykdė ichtiologai, žuvininkai ir gamtosaugininkai.   

Pastaruoju metu Lietuvos mokslininkai kasmet stebi ir vertina lašišų išteklius. Gamtos tyrimų centro mokslininkai atlieka tyrimus Pietryčių Lietuvos (Neries, Žeimenos, Šventosios) upių baseinuose bei Ventos baseine, Klaipėdos universiteto mokslininkai – Vidurio ir Vakarų (Minijos, Jūros, Dubysos, Baltijos Šventosios ir Bartuvos) upių baseinuose. Kasmet yra ištiriama apie 100 monitoringo stočių, kuriose yra vertinamas lašišų jauniklių gausumas ir kiti įvairūs populiaciniai parametrai. Taip pat yra tiriama lašišų jauniklių –  rituolių migracija, neršto efektyvumas upėse, vertinamas įžuvinimo efektyvumas bei stebima reproduktorių migracija ir jos intensyvumas Kuršių mariose, Nemune ir kai kuriose lašišinėse upėse.

Pastaruoju metu lašišos pastoviai aptinkamos 12 didesnių upių, kartais jos užklysta ir į mažesnes upes.

Kaip teigia Gamtos tyrimų centro darbuotojas, pastaruoju metu lašišos pastoviai aptinkamos 12 didesnių upių, kartais jos užklysta ir į mažesnes (šlakines) upes. Natūrali (laukinė) lašišų populiacija yra išlikusi tik Žeimenos baseine, kitose upėse dažniausiai aptinkamos mišrios kilmės lašišų populiacijos (t.y. natūralios kilmės ir dirbtinio veisimo žuvys). Pastaruoju metu lašišų populiacijos buvo atkurtos daugelyje potencialių upių, tarp jų ir Minijos bei Jūros upėse. Tyrimų rezultatai rodo, kad ilgalaikėje perspektyvoje lašišų gausa upėse didėja, tačiau jų gausumas labai priklauso nuo klimatinių ir upių hidrologinių sąlygų, taip pat ir žvejybos intensyvumo, išteklių apsaugos bei kitų faktorių. Todėl nepalankiais metais lašišų jauniklių kiekis upėse gali ženkliai sumažėti, tačiau palankiai susiklosčius visoms aplinkybėms, jis gali ženkliai padidėti. Nuo jauniklių gausumo priklauso lašišų rituolių produkcija ir ateityje, bendra lašišų išteklių būklė. Todėl lašišų jauniklių kiekis ir rituolių produkcija yra pagrindiniai indikatoriai, kuriuos mokslininkai upėse kruopščiai vertina, norėdami nustatyti lašišinių žuvų išteklių būklę.

„Apžvelgiant pastarųjų metų tyrimo rezultatus galime konstatuoti, kad lašišų jauniklių kiekis Pietryčių Lietuvos upėse 2016-2017 m. buvo labai sumažėjęs, tačiau 2018 m. gausumas pradėjo didėti ir ženkliai išaugo 2019 m. Pavyzdžiui, jauniklių kiekis Neryje padidėjo apie 3 kartus nuo 4,2 ind./100 m² (2018 m.) iki 12,7 ind./100 m² (2019 m.)“, – teigia dr. V. Kesminas. 

Anot jo, atitinkamai kito lašišų gausumo rodikliai ir kitose upėse: Vilnioje nuo 4,8 iki 28,9 ­ ind./100 m², Vokėje nuo 7,2 iki 14,0 ind./100 m², Siesartyje – nuo 6,2 iki 28,4 ind./100 m², Šventojoje –  nuo 4,8 iki 9,7 ind./100 m² . Žeimenos upėje taip pat buvo nustatytas aukštas lašišų jauniklių gausumas, pastaruoju metu jis siekia apie 8,2–8,7 ind./100 m², tai yra,  daugiau kaip 2 kartus, lyginant su  daugiamečiu vidurkiu (3,5 ind./100 m² ).

„Apibendrinat galima pasakyti, kad vidutinė lašišų rituolių produkcija padidėjo daugelyje Pietryčių Lietuvos lašišinių upių: Neries baseine ji siekia apie 16 942 individus,  Žeimenos upėje ji yra apie 5970 individų, o Šventosios baseine apie 5023 individus“, – teigia gamtininkas.