1944 m. spalio 11 d. Lietuvos TSR Liaudies Komisarų taryba Vytauto Didžiojo Kultūros muziejui suteikė M.K.Čiurlionio vardą ir jis tapo Kauno valstybiniu M.K.Čiurlionio dailės muziejumi. Jame, gerokai karo apniokotame, po poros su puse mėnesio, nuo 1945 m. sausio pirmosios dienos ir pradėjo dirbti Valerija Čiurlionytė-Karužienė – didžiojo menininko sesuo.

Paulius Galaunė ją pakvietė 1944 m. pabaigoje. Su juo buvo pažįstama nuo seno. Jos prisiminimu, vieną dieną jis jai ir sako:

– Jūs sakėte, kad esate tarp dangaus ir žemės. Ką gi, rašykit pareiškimą.
– Man vis dar gaila vaikų, mokyklos < ...>
– Rašykit prašymą – pažiūrėsim. Darbas laukia.
– Kokie bus mano uždaviniai?
– Meno skyriaus vedėjos. Ką gi dabar galima daryti. Matėte – dėžės su paveikslais sudaužytos, stiklai sudaužyti, rėmai sulaužyti <...>
1945 m. sausio pirma diena. Atėjau į muziejų po bombardavimo (po elektrinės susprogdinimo – aut. past.). Dar daug kur langai išdaužyti, < ...> patalpos pilnos skeveldrų, stiklų gabalų, medžio durų, rėmų nuo langų <...>.

P.Galaunės 1944 m. rašto tekstas Meno reikalų valdybos viršininkui buvo toks: „Į vakuojančią Kauno valstybinio M,K,Čiurlionio vardo dailės muziejuje Meno skyriaus vedėjo vietą prašau drg. Viršininką paskirti nuo 1945 m. sausio 1 d. Valeriją Čiurlionytę-Karužienę. Ji savo kvalifikacijomis, mano nuomone, tai vietai tinka.“

V.Karužienės pakviesta, į M.K.Čiurlionio dailės muziejų atėjo dirbti ir Sofijos bei Mikalojaus Konstantino Čiurlionio duktė, rašytoja Danutė Čiurlionytė-Zubovienė, tačiau dėl labai blogų darbo sąlygų ir daugybės reikalų namuose, ypač dėl blogėjančios dėdės Povilo, kuris pas juos pastaruoju metu gyveno, sveikatos, dirbo neilgai.

„Muziejus per karą buvo labai nukentėjęs – sprogdinant elektros stotį, išbyrėjo visi langai. Remontas vyko labai lėtai. Mes, visi tarnautojai, sėdėjome viename dideliame kambaryje. Buvo labai šalta“, – rašoma knygoje „Patekėjo saulė“. Muziejaus būklę po elektrinės sprogdinimo vaizdžiai apibūdino ir P.Galaunė: „Sprogimas buvo toks stiprus, kad muziejaus pastatas liko be langų, be daugelio durų, sudaužyti viršutinio apšvietimo stiklai, buvo sugadintas centrinis šildymas, pats pastatas pajudintas iš pamatų ir dėl to sienos keliose vietose plyšo. < ... > Į muziejų galėjai įeiti pro kur tiktai nori.“ (Iš kn. Paulius Galaunė. 1988, aut. Z.Žemaitytė, Vaga, p. 168-169 – aut. past.).

Apie karo metais muziejų ištikusias negandas galima ir dar papasakoti. 1944 m. vokiečiai, jau traukdamiesi nuo rusų kariuomenės, muziejaus direktoriui liepė į dėžes supakuoti archeologijos rinkinius, kurie turėjo būti išvežti į Vokietiją. Aptaręs su muziejaus direktoriumi P.Galaune, eksponatų konservatorius P.Beleniūnas liepos 30 d. vietoj muziejinių turtų supakavo plytas. Atėjus vokiečiams tų dėžių išsivežti, jie nebuvo įleisti, buvo suvaidinta, kad nerandama raktų nuo geležinių kiemo vartų. „Beieškant“ tų raktų užtrukta. Vokiečiai labai skubėjo, tad, kiek palaukę, numojo ranka ir nuskubėjo savais keliais. Galima nujausti, kas būtų nutikę muziejaus darbuotojams, ypač direktoriui P.Galaunei, jei vokiečiai būtų turėję daugiau laiko ir, įėję į muziejaus kiemą, būtų sumanę tas dėžes patikrinti...

Tarp kitko, analogiškas įvykis buvo ir Kauno muzikiniame teatre, vokiečiams liepus supakuoti siuvimo mašinas ir kitą panašią teatrui labai reikalingą įrangą, kurią irgi  ketino vežti į Vokietiją. Tuo metu teatre administratoriaus pareigas ėjo nuo okupantų slapstęsis karininkas Jonas Kulikauskas. Jis su kažkokia darbuotoja minėtą įrangą paslėpė rūsyje ir ji nebuvo išvežta. Neįtikima, bet vokiečius išviję ir ilgam Lietuvoje pasilikę rusai šį asmenį už narsą kovojant su vokiečių okupantais apdovanojo medaliu „Už šaunų darbą Didžiajame Tėvynės kare“... Ir tai vėliau išgelbėjo nuo kalėjimo ar galimo išvežimo į Sibirą. Tokių ir panašių įvykių Lietuvoje buvo daug.

Prasidėjus karui, muziejaus direktorius P.Galaunė, norėdamas vertingiausius muziejaus kūrinius apsaugoti nuo bombardavimų ir paslėpti, kad nebūtų išvežti į Vokietiją, dar 1942 m. pabaigoje išrūpino patalpas Kauno banko seife, o 1943 ir 1944 m. tie kūriniai jose buvo saugomi. Traukdamiesi vokiečiai 1944 m. rugpjūčio paskutinėmis dienomis susprogdino šalia muziejaus esančią elektrinę; nuo sprogimo bangos sugriuvo ir finansininko Jono Vailokaičio namo dalis.

Sprogimas buvo toks stiprus, kad nuo jo bangos išdužo Vytauto Didžiojo kultūros ir karo muziejų pastato langai, iškrypo durys, suskilo sienos, įvyko daug kitų blogybių, tarp jų – dalis banko seife paslėptų kūrinių nuskriejo nuo lentynų ant grindų. Pasibaigus karui, kūrinių neskubėta perkelti atgal į karo apniokotą ir dar nesuremontuotą muziejų. Niekas nepagalvojo, kad juos ten apsems 1946-ųjų Nemuno potvynio vanduo. Be to, vokiečiai traukdamiesi išsivežė seifo raktus.

Niekam nė nenujaučiant, per elektrinės sprogdinimą, įskilus banko sienai, vanduo pradėjo veržtis ir į banko pastato vidų. V.Karužienė surado inžinierių, stačiusį šį pastatą, kuris nurodė, kur geriausia pramušti įeigą į norimas banko patalpas. Geranoriškai padėjo ne tik muziejininkai, bet ir tuomečiai meno veikėjai, dailininkai Antanas Žmuidzinavičius, poetai Petras Cvirka, Antanas Venclova, kiti.

Apie kūrinių išvadavimą iš seifo savo 1982 m. prisiminimuose, saugomuose Nacionalinio M.K.Čiurlionio dailės muziejaus Čiurlionio skyriuje, rašė kaunietis skulptorius Vladas Narkevičius, kuris tuo metu dirbo tame muziejuje mokslo bendradarbiu ir tarnavo LTSR Kultūros paminklų apsaugos komiteto (?) Kauno skyriuje, priglaustame muziejaus patalpose.

"Reikėjo labai skubiai veikti <…>. V.Čiurlionytė-Karužienė dėjo visas pastangas, kad kuo greičiau išgelbėtų visus darbus. Ji tuoj suorganizavo gaisrininkus išpumpuoti vandenį iš seifo, kuriame buvo sudėti dailininkų kūriniai. Gavo vienintelį tuo metu Kaune deguonies balioną. Bet su tuo balionu vis tiek negalėjome pradeginti durų ir neatrakintų užraktų.

Teko nusileisti į požemį, kur [už sienos] ir buvo sudėti kūriniai. Siena buvo kieto kaip akmuo betono, todėl teko keturias dienas kalti sieną, kol pramušėme pakankamą landą įlįsti į seifo erdvę. < ...> ar rasim kūrinius ir bekalant ar neišneš mus minos. Užraktai buvo atidaryti iš vidaus [jau įlindus patalpas].

Kadangi „Zodiako ženklai“ buvo nublokšti žemyn per elektros stoties sprogdinimą, tai jiems teko pabūti vandenyje, kol gaisrininkai jį išpumpavo. < ...> Rubenso „Nukryžiuotasis“ irgi paragavo vandens ir kai išvyniojome iš kartono, tuoj per pusę valandos išnyko ir spalva, ir piešinys: sako, šlapias lakas, susijungęs su deguonimi, aptraukia paveikslą tarsi migla. Su spiritu Rubensas buvo atgaivintas", – rašė V.Narkevičius.

Kiek žinoma iš kitų asmenų prisiminimų, norint išvaduoti paveikslus, buvo dėta dar ir daugiau pastangų. Nuo sprogimų smūgio sukeltos bangos, nuo lentynų taip pat buvo nublokšta ant potvynio vandens apsemtų grindų dalis fotonegatyvų, kurių apie 80 proc. atgaivino fotografas Povilas Karpavičius.

Galima įsivaizduoti, ką jautė M.K.Čiurlionio sesuo, matydama nuo vandens nukentėjusius „Zodiako“ ciklo paveikslus ir dalį kito muziejaus turto. Buvo organizuota komisija išimtų iš banko seifo kūrinių kokybei nustatyti.

Kūrinius teko džiovinti, valyti, todėl buvo iškviesti restauratoriai. Konsultavo ir įžymus restauratorius iš Maskvos A.Grabais (kai kuriuose dokumentuose – I.Grabais – rusų tapytojas, TSRS centrinių restauravimo dirbtuvių įkūrėjas ir vadovas – aut. past.). „Visos impregnuoto [pakavimo] popieriaus [pakavimo] nuosėdos nusėdo ant paveikslų [“Zodiako„]. Keletą jų teko vežti į Maskvą pas restauracijų “karalių” A.Grabarį“, – 1975 m. sausio 25 d. rašė „Komjaunimo tiesa“.

Prieš atidarant seifą, muziejininkai susipažino su ten sudėtų kūrinių sąrašais ir kūrinius įkainojo, kad išėmus būtų galima nustatyti sužalojimų vertę. Muziejaus Meno skyriaus 1943–1949 m. segtuve randame tokį akto tekstą: "1945 m. liepos mėn. 30–31 d. d. Komisija iš Kauno valst.

M.K.Čiurlionio vardo Dailės muziejaus Direktoriaus Prof. P. Galaunės ir to pat muziejaus Meno Skyriaus Vedėjo V.Karužienės, Istorinio Skyriaus Vedėjo P.Karazijos ir Vyr. saugotojo K.Čerbulėno susipažino su sąrašais Muziejaus turto 1942–1944 m. sudėto į buv. Lietuvos Banko seifą ir šį turtą įkainavo šitaip: „74 vertingiausius M.K.Čiurlionio kūrinius sumoje 7. 000. 000 rb [7 milijonai rb – aut. past.]“.

Atidarius seifą ir apžiūrėjus eksponatus 1946 m. balandžio 18 d. surašomas defektų aktas, kuriame paskirta komisija iš < ...> "Pirmininko Vyr. Mokslinio bendradarbio Valerijos Karužienės, ir narių: Vyr. saugotojo Klemenso Čerbulėno, Vyr. moksl. bendradarbio Rimutės Jablonskytės ir Mokslinio bendradarbio Vlado Narkevičiaus, apžiūrėjo visus iš Valst. Banko Kauno Skyriaus Seifo išimtus eksponatus Meno ir Liaudies Meno Skyrių ir negatyvus, rado visa tai, kas buvo pagal sąrašą sudėta į Banko Seifus apsaugos tikslais.

Dalis minėtų eksponatų yra nukentėję būdami seife nuo potvynio:
ČIURLIONIO PAVEIKSLAI:
1. Žemaičių kapinės Nr. 145. Kairėje ir dešinėje paveikslo pusėje virš atvaizduotų medžių nusitrynusios smulkios dėmelės. Paveikslo viršuje ant Grigo ratų pilkos dėmės. Buvusioji vertė 90.000 Rb., nuvertinama. Dabartinė vertė 85.000 Rb.
„Zodiako ženklai“
Kiekvieno paveikslo buvusioji vertė 65.000 rb.
2. „Vėžys“, Nr. 121. Visas paveikslas dėmėtas. Šiek tiek į kairę nuo centro du ištrupėjusių dažų brūkšniai, 15 cm. Ilgio. Nuvertiname 25 proc., dabartinė vertė 48.750 r (B. I. 108)."