Muitinės departamentui vadovaus dabartinis jo Tarptautinių ryšių skyriaus viršininkas Arūnas Adomėnas.

Finansų ministerija pranešė, kad A.Adomėnas penktadienį laimėjo įstaigos generalinio direktoriaus konkursą. Jame dalyvavo 3 pretendentai iš 4 užsiregistravusių kandidatų. Pareigas jis pradės eiti, finansų ministrui Rimantui Šadžiui pasirašius įsakymą.

Teisininkas A.Adomėnas Muitinės departamente dirba nuo 2000 metų, yra dirbęs muitinė atašė Lietuvos nuolatinėje atstovybėje Europos Sąjungoje.

Muitinės departamentas nuolatinio vadovo neturi nuo šių metų sausio, kai pasibaigus kadencijai Antanas Šipavičius perkeltas dirbti  į Klaipėdos teritorinę muitinę viršininko pavaduotoju. Iki šiol laikinai departamentui vadovavo Jonas Miškinis.