Pasak ministerijos, prastą vandens telkinių būklę lemia didėjanti pasklidoji tarša, daugiausia dėl žemės ūkio veiklos. Pasiekti gerą ekologinę būklę trukdo užtvankų ir melioracijos sistemų sukelti pokyčiai bei nuotekos. Įtakos turi ir gamtiniai procesai, besikeičiančios klimatinės sąlygos.

Bendra Lietuvos Baltijos jūros aplinkos būklė neatitinka devynių kokybinių rodiklių, tokių kaip komerciniams tikslams naudojamų žuvų, mitybos grandinių tarp skirtingų organizmų, pavojingų medžiagų koncentracijos jūroje ir maistui vartojamuose produktuose, biologinės įvairovės, šiukšlių jūrinėje aplinkoje ir kitų.

Aplinkos apsaugos agentūra kartu su partneriais – Aplinkos apsaugos politikos centro ekspertais, Gamtos tyrimų centro ir Klaipėdos universiteto mokslininkais, atnaujino ir papildė paviršinių vandens telkinių būklės vertinimo sistemą, atliko paviršinių vandens telkinių būklės vertinimą.

Taip pat nustatytos geros būklės neatitikimo priežastys vandens telkiniuose, atlikta vandens naudojimo ir sąnaudų susigrąžinimo ekonominė analizė, įvertintas taikytų priemonių vandens telkinių būklei gerinti poveikis ir nustatyti paviršinių vandens telkinių vandensaugos tikslai.