Įlankos gilinimo ir susijusių aplinkosaugos priemonių įrengimo projektas, kurio vertė – apie 67,8 mln. eurų, susisiekimo ministro Roko Masiulio įsakymu įtrauktas į Europos Sąjungos fondų lėšomis finansuojamų valstybės projektų sąrašą. Šiems darbams numatomos 57,0 mln. eurų ES sanglaudos fondo investicijos.

Atsižvelgiant į Malkų įlankoje nuolat intensyvėjančią laivybą, į poreikį priimti didelių parametrų laivus ir užtikrinti laivybos saugą, šios įlankos įplaukos kanalą ir akvatoriją planuojama pagilinti nuo esamų 11 m iki 14,5 m. Taip šioje uosto dalyje bus pasiektas toks pat gylis, kaip ir 2013 m. pagilintame Klaipėdos uosto laivybos kanale, kas gerokai padidins uosto krovos galimybes ir konkurencingumą. Numatoma, kad visos šiuo metu prie Malkų įlankos krantinių dirbančios krovos įmonės po atliktų rekonstrukcijos ir gilinimo darbų galės priimti „Panamax“ tipo laivus ir didinti krovinių apyvartą, laivų remonto įmonės efektyviau panaudos turimas teritorijas.

Gilinant Malkų įlanką daug dėmesio bus skiriama aplinkosaugai. Iš viso numatoma iškasti apie 2,3 mln. kub. m grunto. Taip pat bus iškasta apie 260 tūkst. kub. m  užteršto dumblo. Jau pradėtas šio grunto valymas. Šis projektas ženkliai pagerins ekologinę situaciją uoste. Pavasarį bus įrengta povandeninė krantosaugos sienutė, kurią baigus prasidės įlankos gilinimo darbai.

Visus minėtus darbus planuojama baigti 2020 m.

Malkų įlanka (buvęs Medžio uostas) – viena seniausių dabartinio Klaipėdos valstybinio jūrų uosto teritorijų. Šis pavadinimas siejasi su XVIII–XIX amžiuje Klaipėdoje vykusia intensyvia prekyba mediena, kai įlankoje buvo įrengtas uostas vidaus vandens keliais atplukdomiems sieliams kaupti ir eksportuoti jūra į Vakarų Europos šalis.