B. Šalkus 1985–2012 metais dirbo Vilniaus pedagoginiame institute (Vilniaus pedagoginiame universitete, dabar Lietuvos edukologijos universitetas) Technologijos ir dailės pagrindų, Chemijos katedrų dėstytoju, nuo 1992 metų buvo docentas, 1993 metais nostrifikuotas fizinių mokslų, chemijos daktaras. 1995–2005 metais B. Šalkus dvi kadencijas iš eilės buvo renkamas Gamtos mokslų fakulteto Chemijos katedros vedėju. 2005–2012 metais jis buvo šio universiteto Gamtos mokslų fakulteto dekanas, Chemijos katedros docentas.

1996–2003 metais B. Šalkus buvo Seimo deleguotas į Lietuvos radijo ir televizijos komisijos narius.

B. Šalkus parengė ir paskelbė per 20 mokslinių ir pedagoginių publikacijų, skaitė pranešimus mokslinėse konferencijose. Jis parengė ir išleido vadovėlį „Cheminė technologija : pasirenkamasis kursas 10–12 klasei“, metodines priemones „Organinio kuro perdirbimas : pasirenkamasis kursas“ ir „Automobilių eksploatacinės medžiagos" (su Jonu Tiškevičiumi).

Atsisveikinimas su velioniu – ketvirtadienį laidojimo namuose „Nutrūkusi Styga“ Vilniuje, laidotuvės penktadienį Karveliškių kapinėse.