Lizdai skirti šiai nykstančiai, į Lietuvos raudonąją knygą įtrauktai rūšiai išsaugoti. Šalyje iš viso priskaičiuojama apie 700 perinčių porų juodųjų gandrų.

Kaip rašoma Aplinkos ministerijos pranešime (AM), juodieji gandrai lizdams dažniausiai renkasi senus ąžuolus ar kitus aukštus medžius. Juos susisuka iš smulkių šakelių arba apsigyvena kitų stambių paukščių lizduose. Tačiau natūralūs lizdai ilgainiui suyra, juos išplauna lietus arba jie nukrenta žemėn kartu su nulūžusia medžio šaka. Naujas dirbtinis lizdas paprastai įkeliamas ten pat ar į šalia esantį tvirtesnį medį, nes juodieji gandrai mėgsta grįžti į senas vietas.

VMU Veisiejų regioninis padalinys jau keletą metų vykdo juodųjų gandrų ir erelių žuvininkų apsaugos, o kartu su Lietuvos ornitologų draugija ir žalvarnių bei lutučių apsaugos projektus. Iš viso šio padalinio teritorijoje yra iškelti 7 dirbtiniai lizdai juodiesiems gandrams, 3 lizdai ereliams žuvininkams, apie 250 specialių inkilų žalvarniams ir apie 85 inkilus lututėms.

Dirbtiniai lizdai ir inkilai keliami tokiose miško vietovėse, kuriose paukščiai galėtų gyventi kuo mažiau trikdomi, kur nevykdoma ūkinė veikla, – saugomose teritorijose, kertinėse miško buveinėse. Dirbtinis lizdas įgauna saugojamo lizdo statusą nuo tada, kai jame saugomos paukščių rūšys pradeda perėti.